O governo da Igreja Batista Reformada de Francisco Morato segue o modelo bíblico de congregacionalismo, em que a Assembleia de membros desempenha um papel crucial na tomada de decisões. Entendemos que a igreja é uma instituição divina, e por isso, cada passo administrativo precisa ser conduzido de maneira que glorifique a Deus e sirva aos interesses espirituais do Seu povo.
A Assembleia da IBRFM consiste na reunião de seus membros, que são convocados, ordinária ou extraordinariamente, para discutir e decidir sobre as questões administrativas da igreja. Essa reunião é um momento de comunhão e responsabilidade, em que cada membro, como parte do Corpo de Cristo, tem a oportunidade de participar ativamente das decisões que afetam a vida e o ministério da igreja.
Em nossas assembleias, buscamos sempre a direção do Senhor, com o objetivo de garantir que todas as decisões sejam tomadas de acordo com os princípios bíblicos, visando o santo propósito do ministério e o benefício espiritual de todos. Nosso desejo é que as decisões da igreja sejam pautadas pela sabedoria que vem de Deus, conduzindo-nos de maneira que tudo seja feito para a edificação dos membros e a expansão do Reino de Cristo.
Nosso modelo de governo reflete nossa convicção de que a igreja deve ser governada com humildade, respeito mútuo e submissão à Palavra de Deus, reconhecendo sempre que Cristo é o cabeça da igreja (Efésios 5:23) e que devemos seguir Seus mandamentos em tudo o que fazemos.